معافیت مالیاتی یک نوع مشوق مالی است که از ابتدای تدوین قانون چگونگی اداره مناطق آزاد در سال ۱۳۷۲ و در ماده ۱۳ این قانون برای فعالان اقتصادی در مناطق آزاد، پیش بینی شده است. در این ماده، همه اشخاص حقیقی و حقوقی که در مناطق آزاد به فعالیت اقتصادی اشتغال دارند، از تاریخ بهره برداری مندرج در مجوزشان، به مدت بیست سال از پرداخت مالیات بر درآمد و دارایی موضوع مالیات های مستقیم معاف هستند.
هرچند که در قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی مصوب سال ۱۳۸۴، موضوع معافیت مالیاتی فعالان اقتصادی در محدوده مناطق ویژه اقتصادی پیش بینی نشد، اما در سال ۱۳۹۴ و ضمن تصویب قانون رفع موانع تولید، فعالان اقتصادی این مناطق نیز از معافیت مالیاتی بهره مند شدند.
معافیت های مالیات های پیش گفته، مرتبط با مقوله مالیات های مستقیم هستند اما مالیات دیگری که مورد نظر است، مالیات بر ارزش افزوده می باشد که در سال ۱۳۸۷ قانون آن به تصویب رسید. با توجه به ماده ۵۲ آن، قانون مناطق آزاد و ویژه اقتصادی از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده مستثنی شده اند.
انضباط مالیاتی و حاکمیت سازمان های مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در محدوده مناطق آزاد و ویژه اقتصادی و تعامل مالیاتی با سازمان امور مالیاتی، محدود به حکم دیوان عدالت اداری و بخشنامه های سازمان امور مالیاتی نشده و موضوع لزوم صدور مجوز فعالیت توسط این سازمان ها برای فعالان اقتصادی، مورد توجه هیات دولت نیز قرار گرفت. در سال ۱۳۹۵ هیات دولت ضمن تصویب یک مصوبه مقرر کرد که شرایط شکلی و محتوایی مجوز فعالیت (بهره برداری) در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به ترتیبی است که حسب مورد توسط سازمان منطقه آزاد یا سازمان مسوول منطقه ویژه تعیین و ابلاغ می شود و مبنای استفاده از معافیت های مالیاتی زمان شروع فعالیت (بهره برداری) مندرج در مجوز است که از سوی سازمان های یادشده (حسب مورد) اعلام می شود. بنابراین پیمانکاران فعال در محدوده مناطق آزاد و ویژه با دریافت مجوز فعالیت که شرایط شکلی آن مشخص شده، می توانند مالیات بر ارزش افزوده را طبق ضوابط و مقررات پرداخت نکنند، این موضوع موجب تشویق فعالیت فعالان اقتصادی در محدوده مناطق آزاد و ویژه اقتصادی خواهد بود.
تسهیلات و معافیت های مالیاتی
همه ی معاملات داخل منطقه ویژه از شمول مالیات بر ارزش افزوده معاف می باشد.
واردات کالا از خارج به مقصد داخل منطقه از شمول مالیات بر ارزش افزوده معاف می‌باشد.
فعالیت های پیمانکاری که با مجوز سازمان منطقه و در محدوده منطقه انجام می‌شود از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف است.
با توجه به قرارگرفتن منطقه ویژه در منطقه محروم (کمتر برخوردار) فعالیت های داخل منطقه از معافیت مالیاتی مناطق محروم (کمتر برخوردار) استفاده می نماید.
چنانچه شخص حقوقی دارای مجوز فعالیت و مقیم منطقه باشد معافیت عملکرد از ده به سیزده سال افزایش می یابد.
مقررات سرمایه گذاری و ثبت
۱- نحوه پذیرش و ورود و خروج سرمایه خارجی و سود حاصل از آن به منطقه و چگونگی و میزان مشارکت خارجیان در فعالیت های هر منطقه بر اساس قانون تشویق و حمایت سرمایه گذاری خارجی مصوب ۱۹/۱۲/۱۳۸۰ انجام خواهد شد.
۲– سازمان ثبت اسناد و املاک کشور موظف است بر اساس درخواست سازمان منطقه و طبق آئین نامه مصوب هیأت وزیران اقدامات زیر را انجام دهد.
الف – ثبت شرکت و یا شعب نمایندگی شرکتهایی که قصد فعالیت در منطقه را دارند منصرف از میزان مشارکت سهام داخلی و یا خارجی آنها و همچنین ثبت مالکیتهای مادی و معنوی در منطقه.
ب – تفکیک املاک و مستغلات واقع در منطقه با نظر سازمان منطقه و صدور اسناد مالکیت تفکیکی ذی ربط با رعایت قوانین جاری کشور.